Los monjes vivían preferentemente en cuevas, según la tradición anacorética, y, allí es donde han aparecido objetos de culto (cuevas de Suano, cerca de Reinosa, Cueva de Cudón próxima a Miengo), y tenemos las llamadas Iglesias Rupestres de Valderredible, que seguramente cobijaron a muchos anacoretas.
Por otra parte Santo Toribio de Palencia y sus monjes misionaron la zona de Liébana. De entonces data la fundación del monasterio de San Martín, que luego cambiaría su nombre por el de Santo Toribio de Liébana, y que sería un centro cultural de primer orden con el Beato de Liébana y sus Comentarios del Apocalipsis, entre otras obras, que indican que debía disponer de una completa biblioteca.
Pero la cristianización total de la región no culmina hasta el s. VIII, cuando muchos personajes de la sociedad hispano-visigótica se refugian en las montañas a causa de la invasión árabe del 711, y el incipiente Reino de Asturias se presenta como un Estado cristiano frente a la España musulmana.
La región de Cantabria no contó con sede episcopal hasta por lo menos el s. X, hasta entonces dependió eclesiásticamente del Obispado de Oviedo y, parcialmente, quizás de los de Oca y Valpuesta.
A la muerte de Fernando I (en 1065) Cantabria se hallaba dividida eclesiásticamente entre Oviedo, en las Asturias de Santillana; León, la mayor parte de Liébana; Palencia con algunas parroquias de Liébana y Polaciones; Oca, que poco después será absorbida por Burgos, con los valles de Campoo, Valdeolea, Valderredible y Valdeprado y Nájera a quien perteneció desde 1052 Trasmiera y la zona oriental debido al hecho de que estas regiones habían sido incorporadas al reino de Navarra. Con la recuperación de todo el territorio cántabro para Castilla a partir de Sancho II, se atribuye toda Cantabria a la diócesis burgalesa y ya en 1184 toda Cantabria, salvo las tradicionales enclaves de León y Palencia, dependían eclesiásticamente de Burgos.
Finalmente , y tras largo proceso de pleitos, dificultades y alto coste económico (iniciado con Felipe II, en 1566), consiguió desmembrarse del Arzobispado de Burgos y en el año 1750 se creó la diócesis de Santander. Los límites de la diócesis corresponden actualmente con la región de Cantabria, salvo en que incorpora el valle de Mena, en la provincia de Burgos, y carece, en cambio, del municipio de Villaverde de Trucios perteneciente a la diócesis de Bilbao. Son 5.527 Km2. de superficie diocesana..
Es importante mencionar por su importancia la aparición, en los s. XIII-XIV, de las órdenes de predicadores (franciscanos, jerónimos, clarisas). Los monasterios cobran mucha importancia y se convierten muchos de ellos en grandes dominios señoriales: Sto. Toribio y Sta. Mª de Piasca en Liébana; Sta. Juliana en Asturias de Santillana; S. Emeterio en Santander; Sta. Mª de Puerto en Trasmiera. Cuando el monacato fue decayendo al desplazarse al centro de las ciudades y villas, la asistencia a los pobres, enfermos y caminantes fue asumido como un deber en el mundo urbano y de ahí la creación de hospitales como por ejemplo los de Santander (Espíritu Santo, Consolación y el de fuera de la puerta), otros en Laredo, Castro ...
En estas fechas ya está establecida la fiesta del Corpus Christi, fiesta típicamante medieval. En 1604 ya está extendida en los pueblos de Valderredible lo que permite suponer que a fines de la Edad Media lo estaba en las villas de Cantabria. Este día se hacía una solemne procesión con el Santísimo Sacramento, al que precedían danzantes. Se instalaban en el recorrido varios altares, que cada barrio adornaba en competición unos con otros. En cada altar se detenía el séquito, se hacían oraciones, y se bailaba y danzaba. De los balcones y ventanas pendían colchas y, mantones o reposteros, y se hacían hogueras en las calles que se alfombraban con flores y laureles. Por la tarde se ponían en escena, sobre un tablado de las plazas, comedias de tipo religioso o autos sacramentales. De éstos el que más comúnmente se representaba era El sacrificio de Abraham. En Santander, entonces villa, se sacaba el Santísimo bajo un palio cuyas seis varas eran portadas por los seis representantes de los seis linajes principales de la villa: Escalante, Calleja, Barcenilla, Arce, Calderón y Pámanes. Suponemos que en las restantes villas sería lo mismo. En Reinosa se contrataban danzantes de fuera, y en Colindres había festejos que tenían fama en toda la región.
Las cofradías religiosas alcanzaron gran difusión tras el Concilio de Trento (1545-1563) aunque ya eran conocidas anteriormente especialmente las de Semana Santa. Fueron impulsadas por franciscanos (Vera Cruz, Ánimas del Pulgatorio) y dominicos (la del Rosario, Santísimo Sacramento).
Añadir que las parroquias y cabildos de la Montaña no poseían en el s. XIX, en vísperas de la Desamortización de Mendizábal, más allá de 1.200 Ha. Los monasterios ninguno superaba las 100 Ha nada que ver con los de otras regiones, lo que les coloca entre el clero pobre. Sí hubo instituciones grandes , como el poderoso Cabildo de Santillana y algunas parroquias campurrianas. El patrimonio inmobiliario rondaría en el s. XIX un poco más de 200 edificaciones (casas, molinos, hornos...) además de las más de 1.000 edificaciones religiosas (ermitas, conventos, parroquias...). Además hay que apuntar que dada la inexistencia de un sistema bancario anterior a mediados del s. XIX las parroquias y sobre todo los conventos se erigieron en pequeñas entidades de crédito a escala local. Ésta era una de las bases para sustentar las distintas instituciones religiosas, además de las limosnas, y parece claro que con el trascurrir del tiempo las donaciones de propiedades fueron disminuyendo o fueron sustituidas por donaciones en metálico o mandas testamentarias.
En cuanto a otras religiones cristianas el protestantismo en Cantabria no se remonta más allá de 1870 cuando se estableció la primera comunidad evangélica. Hoy existen otros grupos como los pentecostales y los adventistas pero tienen poca relevancia. En teoria Cantabria sigue siendo mayoritariamante católica en estos comienzos del s. XXI.
